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È l'insediamento più antico del Vallo di Diano come è testimoniato dai resti delle mura megalitiche risalenti al IV secolo a.C. 
I Greci ne fecero un ricco centro commerciale, successivamente Atena passò sotto il dominio di Roma, di cui divenne un fiorente "municipium" col nome di Campus Atinas conquistando un ruolo di grande rilievo (e di questo periodo, oggi si possono ammirare nel centro storico:stemmi, iscrizioni,ceppi). Tale ruolo di predominanza fu mantenuta da Atena fino al IX-Xsec, quando le dominazioni barbariche e le incursioni saracene distrussero il nucleo abitato romano.
È durante il Medioevo che risorge un nuovo nucleo abitato intorno alla Chiesa di Sant’Angelo (oggi San Ciro) e quest’ultima fu costruita, probabilmente, sui resti di un antico tempio. 
In epoche successive si alternarono nel dominio della città le famiglie dei Sanseverino, dei Carafa, degli Ippoliti Filomarino e dal sedicesimo secolo divenne principato dei marchesi Caracciolo di Brienza.
I Caracciolo furono tanto crudeli nel loro dominio che la popolazione, già profondamente colpita dal terremoto del 1561, ne chiese l'allontanamento.
Don Giuseppe Caracciolo ritornò alcuni anni dopo con 400 uomini, seminando lutti e distruzione, tanto che la popolazione era ridotta nel 1669 a circa 350 anime. Dal '700 inizia una lenta e progressiva ripresa che vede la popolazione di Atena superare le 3.000 unità , come rileva il censimento del 1871 e come testimoniano anche le erezioni di numerosi palazzi nobiliari (Palazzo Spagna, Palazzo Baronale,Palazzo Di Santi). La storia recente ha visto il paese seguire le sorti degli atri comuni del comprensorio con un perido di forte emigrazione, provocando un impoverimento della popolazione. 
È da qualche decennio che Atena, grazie all’autostrada (SA-RE) che l’attraversa e la presenza della superstrada per la Val D'Agri, sembra aver creato i presupposti per uno sviluppo favorevole e che oggi si è concretizzato con la presenza di importanti attività commerciali e di strutture ricettive di grande pregio in grado di ospitare il crescente flusso turistico che vede interessare questo paese come anche i comuni circostanti.
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